学校在进行学术论文查重时，可以通过知网查重系统进行操作。首先，登录知网查重官网，注册账号并登录。然后，上传需要查重的文档，系统会自动进行比对，给出查重报告。学校可以根据报告结果进行修改，确保文档原创性。

此外，学校还可以在知网查重系统中设置相关参数，如排除引用部分、设置查重比例等，以获得更精准的查重结果。同时，学校也可以定期使用知网查重系统，及时发现文档中可能存在的抄袭问题，提高学术作品质量。