知网查重查不出目录的原因可能有多种。首先，可能是因为您上传的文件格式不被知网支持，比如一些特殊格式的文档；其次，可能是因为您的文档内容过于简单，没有足够的文字信息供知网进行查重比对；另外，也有可能是知网系统出现了故障或网络问题，导致无法正确识别目录结构。针对这些情况，您可以尝试将文档转换为常见格式再次上传，或者尝试增加文档内容的复杂度，使得知网能够更好地识别目录结构。

解决知网查重查不出目录的问题，首先需要确认文件格式是否符合要求，尝试转换为常见格式再次上传。其次，可以尝试增加文档内容的复杂性，包括增加文字数量、加入更多段落等，以提高知网的查重准确性。此外，也可以尝试在不同时间段上传，避开知网系统故障时段。如果问题依然存在，建议联系知网客服寻求帮助。